De acuerdo con el Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH), las osamentas pertenecieron a individuos adultos y fueron halladas durante las excavaciones hechas en 1997, en el panteón anexo al antiguo nosocomio, hoy sede del Museo Franz Mayer, ubicado en la Plaza de la Santa Veracruz. El equipo de antropólogos e investigadores, conformado por Margarita Meza Manzanilla, Lourdes Márquez Morfín, Montserrat Méndez Ruiz y Arturo León, emprendió un análisis osteopatológico y morfoscópico para estudiar los restos. Con el primer estudio, se descubrió que en el año 1865, la sífilis ya era una endemia establecida en la ciudad, ya que afectaba al 70 por ciento de su población y no sólo a quienes ejercían la prostitución. Además, de los 77 esqueletos contenidos en cajas del Laboratorio del Posgrado de Antropología Física de la Escuela Nacional de Antropología e Historia (ENAH), cerca de 35 correspondieron a individuos del sexo masculino, probablemente soldados. De acuerdo con los datos obtenidos, la mayor cantidad de decesos ocurrió en individuos que oscilaban entre los 20 y 29 años de edad, periodo en que las personas experimentan más actividad sexual. Con el segundo estudio, se comprobaron diferentes grados endémicos en relación a los casos que presentaron el agente de la sífilis, de las cuales el 32 por ciento resultó severa, y el resto, ligera o moderada. La condición ligera se caracteriza por la inflamación del periostio, una membrana que recubre la parte exterior de los huesos; en la moderada, el hueso crece en forma de placa elevada sobre la corteza del mismo, cambiando su grosor y densidad. Margarita Meza precisó que en el último grado del padecimiento, luego de tres años de desarrollo, el hueso es destrozado en la parte de la gumma (tumor globuloso), y los alrededores suelen volverse escleróticos. La sífilis fue ocultada desde el siglo XVI debido a su connotación negativa respecto a su origen venéreo, por lo que aún no se registraba como padecimiento endémico entre la población capitalina. La información histórica y clínica proveniente del nosocomio San Juan de Dios refiere su extensión entre la comunidad más vulnerable, afectando no solo a prostitutas y soldados, sino también a recién nacidos, niños, jóvenes y adultos, contagiados por diversas vías. La única diferencia entre la comunidad vulnerable y la de recursos económicos de 1865, fue que esta última podía recibir los tratamientos en su casa, y desconocer que sufría la afección.
